A região de Guaraqueçaba representa hoje um dos últimos e mais significativos remanescentes da Floresta Atlântica e dos ecossistemas associados, englobando a Serra do Mar, a Planície Litorânea, as ilhas e extensos manguezais.
A região foi ponto de entrada de Portugueses no Paraná, logo após o descobrimento do Brasil. Em 1545 ocorreu a expedição do navegador Hans Staden, que juntamente com a expedição de Diogo Senabria, naufragou no litoral norte do Paraná. Salvando-se do desastre, Hans publicou um livro sobre as terras do Paraná quando retornou à Europa. Em 1585 chega a primeira Bandeira predadora dos índios Carijós.
A colonização suíça iniciada em 1852 destacou-se na região, sendo que o apogeu da ocupação da região data do final das décadas de 1960 e 1970, quando houve grande alteração no perfil de ocupação e produção do local.
Atualmente os habitantes da região são os caboclos (caiçaras), descendentes da mistura de índios, mulatos, negros e imigrantes que colonizaram o local. Muito da cultura original dos índios da região se mantém nos hábitos dos caiçaras, nas suas lendas, na linguagem, no artesanato e na medicina caseira. O testemunho mais marcante de existência de muitas populações indígenas na região está na presença dos sambaquis (há mais de cem catalogados) encontrados ao longo de toda a Baía. O nome da unidade é de origem tupi-guarani e significa "Pouso da Ave Guará".
Vegetação
A vegetação da ESEC consiste principalmente em ecossistema de Mangue, englobando ilhas de terra firme, que apresentam cobertura florestal típica de mata pluvial atlântica, áreas continentais de mangue e matas de transição, situados na Baía dos Pinheiros, de Guaraqueçaba e do Benito.
Fauna
Além de peixes e aves, há um grande número de espécies de crustáceos, moluscos e outros invertebrados que encontram nos manguezais alimento e refúgio contra predadores. Entre as espécies de aves visitantes, pode-se citar o pato-do-mato, sabiá-do-brejo, gaivota, três espécies de garças, saracuras, etc. Destaca-se ainda que este ecossistema abriga espécies endêmicas e ameaçadas de extinção como o papagaio-da-cara-roxa (Amazona brasiliensis).
Fonte: Ibama